As terras onde se localiza hoje o município pertenciam ao sítio Guabiraba. O nucleamento do povoado ocorreu após a construção da capela de São João pelo proprietário do sítio, Manuel Laurentino dos Santos, em 1905. A fertilidade do solo, propício á cultura da cana-de-açúcar concorreu para o povoamento, que logo passou a contar com uma feira. Inicialmente o local foi denominado São João da Barra. O distrito de de Barra de São João foi criado pela lei municipal nº 59, de 25 de Junho de 1915. Pelo decreto-lei estadual nº 235, de 9 de Dezembro de 1938, o distrito de Barra de São João passou a denominar-se Itapecó. Passou a denominar-se Guabiraba pelo decreto-lei estadual nº 952, de 31 de Dezembro de1943. Pertencia ao município de Bonito. Foi elevado à categoria de município com a denominação Barra de Guabiraba, pela lei estadual nº 3340, de 31 de Dezembro de 1958.

O topônimo atual deve-se às viagens do historiador Mário Melo, que deparando-se com uma frondosa guabiraba na confluência dos rios Sirinhaém e Bonito Grande, passou a denominar o local de Barra de Guabiraba.